Югио! Тёмная сторона измерений

Сето Кайба, одержимый желанием отомстить Королю Игр, начинает раскопки в Египте с целью найти фрагменты Головоломки Тысячелетия, в которой ранее обитал дух "другого Юги". Однако фигура в плаще похищает два фрагмента и исчезает до того, как Головоломка может быть восстановлена. Тем временем Юги Муто и его друзья учатся в выпускном классе старшей школы и строят планы на будущее, не подозревая об опасности, которая приближается.

Сюжет "Югио! Тёмная сторона измерений" разворачивается вокруг мстительных сил, искажающих реальность по своему усмотрению. Разногласия между Сето и Юги могут помешать им объединиться для спасения мира, но алчность Кайбы также способна взять над ним верх.