Исчезновение Харухи Судзумии

В декабрьский день Кидзон приходит в школу, ожидая провести время с членами Бригады SOS. Он обнаруживает, что многое изменилось: Харухи Судзумия и Ицуки Коидзуми исчезли, Микуру Асахина не узнает его, Юки Нагато стала обычным человеком, а Рёко Асакура вернулась. Несмотря на привычку к сверхъестественному, Кидзон обеспокоен этими изменениями и решает разобраться в ситуации самостоятельно.

Кидзон оказывается единственным, кто помнит предыдущую реальность. Перед ним встает выбор: принять нормальную жизнь, о которой он всегда мечтал, или найти способ вернуть прежний, хаотичный, но знакомый мир. Его действия определят, какой из вариантов станет окончательным.