Детектив Конан: Джолли Роджер в глубине лазури

События разворачиваются на острове Коуми, который привлекает туристов живописными холмами, коралловыми рифами и музеем, где выставлены сабля и пистолет пиратов Анны Бонни и Мэри Рид. На остров прибывает Когоро Мори с дочерью Ран, её подругой Соноко Судзуки, Детективным клубом и Конаном Эдогавой. Из-за путаницы с номерами в отеле группа сталкивается с охотниками за сокровищами и погружается в местную атмосферу поиска легендарного пиратского клада.

Детективный клуб отправляется на самостоятельные поиски сокровищ, а Конан в более опасных водах обнаруживает тело убитого. Полиция, расследуя недавнее ограбление, прибывает на остров, и ситуация перерастает в хаос. Охотники за сокровищами и местные жители начинают гонку за давно утерянным пиратским золотом. Параллельно Конан, Когоро и полиция пытаются найти не только преступников, но и восстановить справедливость.