Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Маскированный самурай совершает серию убийств пяти человек в разных городах Японии: троих в Токио, одного в Осаке и последнего в Киото. Полиция устанавливает, что все жертвы были членами банды Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены банды использовали псевдонимы, основанные на именах слуг Минамото-но Ёсицунэ. Расследование заходит в тупик из-за отсутствия мотивов и улик для опознания остальных участников группировки.

Киотский храм обращается за помощью к знаменитому детективу Когоро Мори, получив анонимное письмо с загадочной головоломкой. Монахи просят расшифровать послание, чтобы вернуть давно утраченную статую. Детектив-школьник Синъити Кудо в образе Конана Эдогавы и старшеклассник Хэйдзи Хаттори объединяют усилия для разгадки шифра и поиска убийцы. Хаттори также разыскивает свою давнюю возлюбленную. Используя знания Хаттори о Киото, они исследуют город и постепенно приближаются к разгадке. Преступник совершает новое убийство члена банды, предпринимает несколько попыток покушения на Хаттори и похищает его возлюбленную. Только совместная работа и выявление скрытых улик позволят Конану и Хаттори остановить убийцу и спасти девушку.